医院污水处理系统除了包括含菌污水的处理和消毒外，对其他各种特除排水根据需要还应单独处理，如含有重金属的废水，放射性废水、含油废水和洗印废水等。重金属废水来自牙科治疗和化验室，含有汞、铬等有害污染物，可用化学沉淀法或离子交换法处理。放射性自来水同位素治疗和诊断，低浓度放射性废水选用衰变池处理，或用化学共沉淀法、离子交换法处理。含油废水来自厨房食堂，一般选用隔油池处理。洗印废水来自照片洗印，含有银、显影剂、定影剂等仃害物质、含银废水可选用电解法回收银，显影剂可用化学氧化法处理。